Pierwsze zapiski dotyczące hirudoterapii zostały odnalezione w tekstach Sushruta Samhita, który jest uznawany również za ojce chirurgii plastycznej i pochodzą one z VIII wieku p.n.e. Opisał on 12 gatunków pijawek. W tamtych czasach wskazaniami do hirudioterapii były choroby skóry, rwy kulszowe i bóle mieśniowo-szkieletowe.
Kolejne zapiski dotyczące pijawek w II wieku odnaleziono w tekstach greckiego lekarza Nikandresa z Kolofon. Medycznie użycie pijawek było opisane w „Kanonie Medycyny” przez Avicennę (1020 r.) i przez Abdellatif al-Baghdadi w XII wieku.
W wiekach średnich oraz wczesnej nowożytności pijawka lekarska (Hirudo medicinalis) oraz jej podgatunki były używane do „krwioupustów” mających na celu równoważenie płynów w ciele, co umożliwiało harmonizację ciała i zapewniało mu prawidłowe funkcjonowanie. Czterema składnikami (płynami) organizmu według Galena były: śluz, czarna żółć, żółta żółć oraz krew. Zgodnie z teorią Galena każda choroba powodująca zaczerwienienie skóry (na przykład gorączka lub zapalenie) była powodowana nadmiarem krwi w ciele. Uważało się także, że wszystkie zachowanie choleryczne i sangwiniczne wynikają z nadmiaru krwi. Pod koniec XIX wieku pijawki utraciły popularność.
W II połowie XX wieku F. Markwardt po raz pierwszy wyizolował hirudynę (antykoagulant) ze śliny pijawki. W medycynie ponownie zaczęto je stosować w latach 1970-tych w chirurgii w celu przywracania krążenia do przeszczepionych płatów skóry, przy wysokim ryzyku pooperacyjnego zatoru żylnego, podczas przyszywania palców i przy zabiegach rekonstrukcyjnych uszu, nosa, warg i powiek. Innymi wskazaniami do hirudoterapii są żylaki, skurcze mięśni, zakrzepowe zapalenia żył, choroba zwyrodnieniowa stawów oraz wiele innych jednostek chorobowych. Efekt terapeutyczny jest uzyskiwany dzięki w antykoagulacyjnym, wazodylatacyjnym, trombolitycznym, przeciwzapalnym i znieczulającym właściwościom śliny pijawki. Ze śliny pijawki udało wyizolować się ponad 100 związków chemicznych o złożonej budowie, mających liczne lecznicze właściwości.